指定文化財建造物のうち約９割が木造建築である。これらの保存には，適切な時期に大小の保存修理が必要である。修理事業は所有者または管理団体が行うが，小修理を除き大半は国の補助事業として実施されている。 　我が国の歴史的建造物はほとんどが木で作られており，さらにその多くは屋根が茅や檜皮のような植物性の材料で葺かれているため，火災に対し極めて脆弱である。このため，文化庁では，防災設備の設置について必要な補助を行うことなどによりその保護を図っている。 　このほか，日本の近代化に大きな役割を果たしてきた産業，交通，土木に係る構造物については，技術革新や産業構造の変化等により取り壊しが進んでいる。このような構造物が，我が国の近代化を担いながらも現在失われつつある状況の中で，近代化遺産としての物件の特定及び保存のための調査，及びそれに基づく指定を行っている。 　※以下のリストは代表例です。

	・ 中尊寺金色堂（岩手県）	・ 瑞巌寺庫裏（宮城県）
	・ 東照宮本殿、石の間及び拝殿（栃木県）	・ 円覚寺舎利殿（神奈川県）
	・ 瑞龍寺（富山県）	・ 安楽寺八角三重塔（長野県）
	・ 如庵（愛知県）	・ 彦根城天守、附櫓及び多聞櫓（滋賀県）
	・ 慈照寺銀閣（京都府）	・ 二条城二の丸御殿（京都府）
	・ 竜吟庵方丈（京都府）	・ 本願寺北能舞台（京都府）
	・ 平等院鳳凰堂（京都府）	・ 宇治上神社本殿（京都府）
	・ 妙喜庵茶室待庵（京都府）	・ 姫路城大天守（兵庫県）
	・ 東大寺南大門（奈良県）	・ 東大寺金堂（大仏殿）（奈良県）
	・ 興福寺北円堂（奈良県）	・ 薬師寺東塔（奈良県）
	・ 唐招提寺金堂（奈良県）	・ 正倉院正倉（奈良県）
	・ 室生寺五重塔（奈良県）	・ 出雲大社本殿（島根県）
	・ 吉備津神社本殿及び拝殿（岡山県）	・ 不動院金堂（広島県）
	・ 厳島神社（広島県）	・ 太山寺本堂（愛媛県）
	・ 大浦天主堂（長崎県）	・ 宇佐神宮本殿（大分県）

	・ 北海道庁旧本庁舎（北海道）	・ 函館ハリストス正教会復活聖堂（北海道）
	・ 旧花田家番屋（北海道）	・ 旧函館区公会堂（北海道）
	・ 旧登米高等尋常小学校校舎（宮城県）	・ 嵯峨家住宅（秋田県）
	・ 旧済生館本館（山形県）	・ 山形県旧県庁舎及び県会議事堂
	・ 碓氷峠鉄道施設（群馬県）	・ 日本煉瓦製造株式会社旧煉瓦製造施設（埼玉県）
	・ 明治生命保険相互会社本社本館（東京都）	・ 日本銀行本店本館（東京都）
	・ 日本橋（東京都）	・ 旧岩崎家住宅（東京都）
	・ 明治丸（東京都）	・ 旧横浜船渠株式会社第二号船渠（ドック）（神奈川県）
	・ 福住旅館（神奈川県）	・ 旧新潟税関庁舎（新潟県）
	・ 尾山神社神門（石川県）	・ 旧高野家住宅（山梨県）
	・ 旧開智学校校舎（長野県）	・ 吉島家住宅（岐阜県）
	・ 和田家住宅（岐阜県）	・ 江川家住宅（静岡県）
	・ 天城山隧道（静岡県）	・ 四日市旧港港湾施設（三重県）
	・ 旧諸戸家住宅（三重県）	・ 東福寺常楽庵（京都府）
	・ 吉村家住宅（大阪府）	・ 箱木家住宅（兵庫県）
	・ 門脇家住宅（鳥取県）	・ 旧矢掛本陣石井家住宅（岡山県）
	・ 熊谷家住宅（山口県）	・ 旧金比羅大芝居（香川県）
	・ 道後温泉本館（愛媛県）	・ 旧筑後川橋梁（筑後川昇開橋）（福岡県・佐賀県）
	・ 三井石炭鉱業株式会社三池炭鉱宮原坑施設・旧万田坑施設（福岡県・熊本県）	・ 多久聖廟（佐賀県）
	・ 祇園橋（熊本県）	・ 通潤橋（熊本県）
	・ 白水溜池堰堤水利施設（大分県）	・ 旧黒木家住宅（宮崎県）
	・ 玉陵（沖縄県）	・ 瀬底土帝君（沖縄県）